روز شهادت امام علی (ع) در سال ۹۹ مصادف است با جمعه ۲۶ اردیبهشت ماه
امام به شبستان مسجد وارد شد و در حالی که مشغول تسبیح خداوند بود کسانی که به خواب رفته بودند را بیدار فرمود. ابن ملجم به رو خوابیده بود. امام او را بیدار کرد و به او فرمود: برخیز از خواب براى نماز و چنین مخواب که این خواب شیطان است، بلکه بر دست راست بخواب که خواب مؤمنان است، و بر پشت خوابیدن خواب پیغمبران است. امام سپس به ابن ملجم فرمود: قصد کاری داری که نزدیک است آسمان فروپاشد و زمین شکافته شود. اگر بخواهم می توانم خبر دهم که در زیر جامه ات چه دارى.
ابن ملجم در نزدیکی امام به نماز ایستاد و هنگامی که امیرالمؤمنین سر از سجده اول برداشت ضربتی به سر ایشان زد که تا پیشانی امام را شکافت. در آن حال امام فرمود: «بسم اللّه و باللّه و على ملّه رسول اللّه»، و گفت: «فزت بربّ الکعبه»، به خدای کعبه قسم که رستگار شدم ابن ملجم در حال حمله شعار خوارج را فریاد می زد که:للّه الحکم یا علىّ، لا لک و لا لأصحابک.
در برخی نقل ها آمده که امام در حال بیدار کردن مردم براى
اهل مسجد صداى حضرت را شنیدند و بسوى محراب دویدند، و امیرالمؤمنین علی (ع) را دیدند که در محراب خونین افتاده. حضرت را برداشتند، رداى مبارکش را بر سرش بستند، حضرت خون سر خود را بر محاسن مبارکش کشید و فرمود: این آن است که خدا و رسول مرا وعده داده بودند، راست گفتند خدا و رسول.
امام حسن و امام حسین علیهما السلام با اندوه زیاد نزد پدر آمدند.امیر المؤمنین علیه السّلام امام حسن علیه السّلام را به جاى خود گذاشت که با مردم نماز گزارد و خود با وجود زخم عمیقی که در سر داشت نمازش را نشسته تمام کرد و در هنگام نماز از شدت ضعف به چپ و راست متمایل می شد
امام حسن علیه السّلام پس از نماز سر پدر را در آغوش گرفت، و گفت: ای پدر کمرم شکست، چگونه تو را در این حال ببینم. امیرالمؤمنین فرمود: اى فرزند! از این پس پدرت را رنجى نیست، اینک جدّ تو محمّد مصطفى- صلوات اللّه علیه- و جدّه تو خدیجه کبرى، و مادر تو فاطمه زهرا علیهما السّلام و حوریان بهشت حاضرند و انتظار پدر تو را دارند تو شاد باش و دست از گریستن بدار که گریه تو ملائکه آسمان را به گریه در آورده است.